Το 1946 η Εταιρία Σιδηροδρόμων απαλλοτριώνει το γήπεδο του Ρουφ και ο Απόλλων αναγκάζεται να μετακομίσει στη Ριζούπολη, δίπλα στο εργοστάσιο δίσκων της Columbia, όπου κτίζει νέο γήπεδο. Το γήπεδο εγκαινιάζεται επίσημα στις 17 Οκτωβρίου 1948 παρουσία 10.000 φιλάθλων, με τιμητικό αγώνα ανάμεσα σε μικτή ομάδα των προσφυγικών σωματείων (Απόλλων, Πανιώνιος, ΑΕΚ) και μικτή ομάδα των «γηγενών» ΠΑΟ και ΟΣΦΠ.
Η μετακόμιση στη Ριζούπολη συνδέεται με τη δημιουργία μιας ομάδας που παίζει εντυπωσιακό ποδόσφαιρο, αλλά δεν καταφέρνει να κερδίσει τίτλους πλην αυτού του πρωταθλητή Αθηνών, το '48 και το '58. Την περίοδο αυτή ο Απόλλων αποκτά χιλιάδες νέους οπαδούς. Το κοινό του δεν είναι πια μόνο μικρασιάτες πρόσφυγες, αλλά και εσωτερικοί μετανάστες από κάθε μεριά της Ελλάδας που θαυμάζουν το στυλ παιχνιδιού του υπό την καθοδήγηση σπουδαίων ξένων προπονητών, όπως οι Σιμονόφσκι, Μπούζακ, Ντόλκος, Ζόνλαϊ. Τη φανέλα του Απόλλωνα εκείνων των δεκαετιών φόρεσαν παίκτες όπως οι αδελφοί Γιώργος και Αριστείδης Καμάρας, Σάββας Παπάζογλου, Στάθης Τσανακτσής, Κώστας Βερτσώνης,Λάμπης Σεραφείδης,Αντώνης Δερμάτης,Χαράλαμπος Ταουξής,Βαγγέλης Μαυρόπουλος.
Στα τέλη της δεκαετίας του '70, το ποδόσφαιρο στην Ελλάδα γίνεται επαγγελματικό. Οι ισχυρές και πλούσιες ομάδες του λεκανοπεδίου (Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός, ΑΕΚ) κυριαρχούν πλήρως, με αποτέλεσμα ο Απόλλων να περιορίζεται σε δευτερεύοντα ρόλο, λειτουργώντας κυρίως ως «εργοστάσιο παραγωγής ταλέντων». Το 1987 υποβιβάζεται στη Β΄ Εθνική αλλά επιστρέφει στην Α΄ την αμέσως επόμενη χρονιά.
Εξαίρεση στη μετριότητα αποτελεί η τριετία '94-'96. Υπό την καθοδήγηση του Γιάννη Παθιακάκη, ο Απόλλων δημιουργεί ένα νεανικό σύνολο με εξαιρετικούς ποδοσφαιριστές που παίζει ποιοτικότατο ποδόσφαιρο. Το 1995 κερδίζει τη συμμετοχή του στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ για πρώτη και μοναδική φορά στην ιστορία του, ενώ την επόμενη χρονιά προκρίνεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδος, όπου ηττάται από την ΑΕΚ.
Αμέσως μετά την εξαιρετική διετία, ξεκινά η παρακμή της ομάδας. Οι κορυφαίοι νέοι παίκτες της πωλούνται σε μεγαλύτερες ομάδες (Ντέμης Νικολαΐδης, Θεόφιλος Καρασαββίδης,Μπλένταρ Κόλα), άλλοι γηραιότεροι (Αντώνης Μήνου, Φρανκ Κλόπας, Τάσος Μητρόπουλος) αποχωρούν αλλά δεν αναπληρώνονται με ισάξιους. Για τέσσερα ακόμα χρόνια ο Απόλλων παραμένει στην Α΄ Εθνική, συνήθως γλιτώνοντας τον υποβιβασμό στους τελευταίους αγώνες.
Το 2000 ο Απόλλων υποβιβάζεται στη Β΄ Εθνική και ξεκινά μία κάθετη πτώση. Θα ακολουθήσουν δύο ακόμα υποβιβασμοί, το 2005 για πρώτη φορά στη Γ΄ Εθνική και το 2007 στο ερασιτεχνικό Περιφερειακό Πρωτάθλημα.
Η ομάδα θα παραμείνει στο Περιφερειακό μέχρι τη σεζόν 2009-10, όταν κατακτά την πρώτη θέση στον 8ο όμιλο και προβιβάζεται στη Γ΄ Εθνική. Τη σεζόν 2011-12 κατακτά το πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής και προβιβάζεται στη Β΄ Εθνική.
ΒΙΚΙΠΑΙΔΕΙΑ